Qualität und Bedeutung der Wiener Universität waren in der Regierungszeit Kaiser Franz II./I. gesunken. Sowohl die Studierenden als auch Teile des Lehrpersonals waren mit dem politischen System und insbesondere den universitären Zuständen unzufrieden. Viele beteiligten sich tatkräftig an der Revolution von 1848, sie besetzten das Universitätsviertel und errichteten Straßenbarrikaden. Nach der gewaltsamen Niederschlagung des Aufstandes durch die kaiserliche Armee blieb die Universität ein Jahr lang geschlossen.

Ein Ziel hatten die aufständischen Studierenden jedoch erreicht: Die „Lehr- und Lernfreiheit“ für Lehrende und Lernende wurde in den Universitätsgesetzen des 19. Jahrhunderts verankert, welche bis heute als Grundlage der Universitätsverfassung dienen. Die Philosophische Fakultät wurde zu einer Lehr- und Forschungseinrichtung umgestaltet. Im Staatsgrundgesetz von 1867 hieß es schließlich: „Die Wissenschaft und ihre Lehre ist frei“  – wenn auch die Geschichte der Universität, sowohl unter den Habsburgern als auch in jüngerer Zeit – insbesondere während der Zeit des Nationalsozialismus –, manchmal Gegensätzliches zeigte.

Frauen waren lange Zeit von einer universitären Bildung ausgeschlossen. 1878 wurden sie als Hospitantinnen, also als Gasthörerinnen, zugelassen. Mit der Forderung nach Bürgerrechten für Frauen traten Vertreterinnen der Frauenbewegungen auch für einen Zugang zur Universität ein. Lange Zeit hatten Diskussionen um ihre körperliche und geistige Eignung eine Zulassung zum Studium verhindert. In Österreich musste man als Studienvoraussetzung die Matura bestanden haben, für Frauen wurden erst 1896 die gesetzlichen Voraussetzungen dafür geschaffen. Erst ab 1897 konnten auch Frauen an der Philosophischen Fakultät in Wien studieren – mehr als 30 Jahre nach ihrer Zulassung an der Universität Zürich. Ab 1900 konnten sie Medizin inskribieren, die restlichen Fakultäten standen ihnen erst im Laufe des 20. Jahrhunderts offen. Als erste Frau in Österreich promovierte 1897 Gabriele Possanner von Ehrenthal (1860–1940).