Als Instrument der Gegenreformation entstanden in fast allen Städten Europas eine Reihe katholischer Orden, Kirchen, Klöster und Lehranstalten. Der wohl bedeutendste Orden in der Phase der Rekatholisierung waren die Jesuiten. 1534 wurde die Gesellschaft Jesu von Ignatius von Loyola und seinem Freundeskreis begründet, 1540 wurden die Jesuiten vom Papst als Orden anerkannt. Eine ihrer Aufgaben bestand im bedingungslosen Gehorsam gegenüber dem Papst. Die Mitglieder des Ordens wurden durch Exerzitien und strenge Überwachung ausgewählt. Schon bald gab es in fast allen Städten Europas jesuitische Ordenshäuser. Neben Seelsorge zählte die Ausbildung der Jugend zu ihrem Hauptanliegen. Schulen und Universitäten wurden neu gegründet bzw. die bestehenden nach jesuitischen Lehren reformiert. 1552 berief Ferdinand I. die Jesuiten auch nach Wien und wenig später nach Graz, wo man die universitäre Ausbildung in ihre Hände legte. Im 16. Jahrhundert avancierten jesuitische Universitäten zu den besten Europas. Jesuitische Beichtväter waren in vielen europäischen Herrscherhäusern, so auch bei den Habsburgern, anzutreffen und ihr politischer Einfluss wurde unübersehbar. Im Gegensatz zu den Lutheranern feierten die Jesuiten kirchliche Hochfeste mit prunkvollen und kostspieligen Prozessionen und Schauspielen. Diese aufwendigen Inszenierungen sollten das Volk wieder an die katholische Kirche binden. Als Förderer der Barockkunst gaben die Jesuiten Bauprojekte in Auftrag und begründeten mit dem Jesuitentheater eine eigene Tradition gegenreformatorischer Propaganda. Neben der inneren Missionierung der katholischen Lehre zählten überseeische Unternehmungen zu ihren Aufgabenfeldern. Entsandt von spanischen, portugiesischen und französischen Kolonialmächten verbreiteten sie ihre Lehren in Japan, China, Indien und Amerika. Durch den Missionar Franz Xaver (Francisco de Xavier) gelangten um 1550 erstmals Kenntnisse über Japan nach Europa.

Kontroverse Urteile über die jesuitischen Missionen waren oftmals aus den eigenen Reihen zu hören − so missbilligte etwa der Bischof von Puebla das Profitstreben der Missionare. Im 18. Jahrhundert wurden die Jesuiten von den Spaniern aus Paraguay vertrieben, da sie deren koloniale Bestrebungen behinderten.