Das Wiener Augustinerkloster geht auf Herzog Friedrich I. ("den Schönen") zurück, der die Augustiner-Eremiten 1327 direkt neben der Burg ansiedelte und den Bau der nach dem Stephansdom zweitgrößten gotischen Kirche Wiens initiierte.

Die Augustiner-Eremiten waren ursprünglich ein Einsiedlerorden, der sich später zunehmend der Mission und Lehre widmete. Der Wiener Konvent wurde zu einem der führenden Mitteleuropas, aus dem bedeutende Gelehrte hervorgingen, unter anderem der "Leopold von Österreich" genannte Verfasser der "Chronik der 95 Herrschaften". Dieses lange Zeit bestimmende Werk zur österreichischen Geschichte mit stark prohabsburgischer Tendenz aus dem Ende des 14. Jahrhunderts verknüpfte die neue habsburgische Herrschaft in Österreich mit den historischen Traditionen des Landes.

Der Augustinerkonvent entwickelte sich zum habsburgischen Hofkloster und zum bevorzugten Schauplatz religiöser Zeremonien des Hoflebens. So diente die in die Klosteranlage integrierte Georgskapelle als Versammlungsraum der Ritter des Sankt-Georgsordens, ein der höfischen Mode des Spätmittelalters folgender habsburgischer Ritterorden, dem jedoch nur ein kurzes Leben beschieden war. Längere Tradition hat die Augustinerkirche als Ort habsburgischer Trauungen, denn hier wurden die meisten Hochzeiten der Habsburger geschlossen, so auch zum Beispiel die von Franz Joseph und Elisabeth im Jahre 1854. Eine besondere emotionale Bindung hatten die Habsburger zur 1627 im Mittelschiff der Kirche errichteten Loretokapelle (unter Joseph II. beseitigt). Dieses für die habsburgische Frömmigkeit der Gegenreformation typische Marienheiligtum war als kaiserliche Privatkapelle der ursprüngliche Standort der Herzgruft, wo die Herzen der Habsburger bestattet wurden.

1634 wurde die Kirche zur Hofpfarrkirche erhoben und die Augustiner Mönche übernahmen die Seelsorge für die Mitglieder des Kaiserhofes. Den hohen Stellenwert der Augustinerkirche für die Hofgesellschaft erkennt man auch daran, dass hier eine exklusive Begräbnisstätte des Hofadels entstand.

Im Zuge der josephinischen Klosterrefomen wurde die Zahl der Mönche schrittweise reduziert, bis das Kloster 1836 endgültig aufgelöst wurde (erst 1951 wurde das Kloster wieder von Augustinermönchen reaktiviert). Die Hofpfarre bestand aber unter der Leitung von Weltpriestern bis 1918 weiter.