Die Studenten der Wiener Universität lebten in Gemeinschaften zusammen, meist in sogenannten „Bursen“. „Bursa“ bezeichnete jenen Geldbetrag, den Studenten für ihre Unterbringung und Verpflegung aufbringen mussten, wöchentlich zwei oder drei Silbergroschen. Nicht begüterte Studenten lebten in Armenbursen, den sogenannten „Koderien“. Diese Plätze waren limitiert und sehr begehrt. Ohne jegliche finanzielle Unterstützung war ein studentischer Lebensunterhalt kaum zu bestreiten. Wer sich außerhalb der studentischen Gemeinschaft, etwa in einem Bürgerhaus, einmieten wollte, benötigte die Erlaubnis des Rektors. Die studentischen Unterbringungen wurden von universitärem Personal beaufsichtigt.

Der studentische Alltag folgte einem strikten Zeitplan: Nach einem Morgengebet und der Frühmesse begann die erste Vorlesung bereits um sechs Uhr morgens. Nach dem Unterricht und gemeinsamen Mahlzeiten sollten die Studenten in ihren Häusern lernen und debattieren. Wer gegen die Regeln verstieß, wurde bestraft. Insbesondere untersagt waren der Besuch von „loca suspecta“ wie öffentlichen Schänken oder das Mitbringen von Frauen in die Zimmer. Dennoch schweiften die Studenten nächtens durch die Stadt. Dabei prallten sie immer wieder mit den städtischen Organen zusammen. Sogar der Unterricht bedurfte strenger Vorschriften: Lachen, Pfeifen und Murren während der Vorlesungen wurden untersagt.

Der Universität wurde Autonomie zugesprochen, sie sollte von städtischen und kirchlichen Instanzen unabhängig sein. Die Universitätsangehörigen waren von Steuern und später sogar dem Wehrdienst befreit. Sie besaßen eine eigene Gerichtsbarkeit und waren der Rechtssprechung des Rektors und des Universitätskonsistoriums unterstellt. Die akademische Sondergerichtsbarkeit wurde erst 1783 abgeschafft. Bis dahin führte der Rektor Zepter und Schwert als Zeichen seiner Verwaltungs- und Gerichtshoheit. Der Pedell fungierte als Polizist und Kerkermeister – der Karzer wurde bis ins späte 18. Jahrhundert verwendet.