Zeitgleich mit Ferdinand von Tirol und Rudolf II. errichteten auch andere europäische Fürsten enzyklopädische Sammlungen. Diese dienten als Vorbilder für ähnliche Einrichtungen von Adel, Großbürgertum und Gelehrten. Auch Klöster hatten Kunst- und Wunderkammern. All diese ,Museen‘ wurden zu Anziehungspunkten gelehrter Reisender. Die bürgerlichen Sammlungen entstanden nicht selten aus praktischem Nutzen – so sammelten Apotheker und Ärzte Pflanzen und Mineralien, um deren Wirkung zu erforschen.

Solche bürgerlichen Sammlungen vermittelten auch das Bild, das wir uns heute vom Aussehen einer Kunstkammer machen können. Anders als ihre fürstlichen Pendants waren sie auf eine breitere Öffentlichkeit ausgerichtet. Ihr Aufbau und Inhalt wurden in Katalogen und Abhandlungen publiziert. Fürstliche Kunstkammern hingegen können meist nur über Inventare rekonstruiert werden oder – wie in Schloss Ambras – über noch vorhandene Ausstellungsräume und Ausstellungsmöbel.

Die Kunstkammer Rudolfs II. war nicht für BesucherInnen gedacht, die Objekte waren in Schränken, Truhen und Schatullen verstaut, die Gemälde teils sogar eingewickelt – die Räumlichkeiten vermittelten eher den Eindruck eines Magazins, wie der venezianische Gesandte Girolamo Soranzo berichtete. Nur ausgewählte Personen wie Maximilian I. von Bayern bekamen die Sammlungen zu Gesicht und wurden dabei vom Hausherrn höchstpersönlich geführt. Hofkünstler, Wissenschafter und Kunsthandwerker hingegen konnten die Kunstkammer ziemlich uneingeschränkt aufsuchen.

Mitte des 17. Jahrhunderts brachte Erzherzog Leopold Wilhelm eine umfangreiche und wertvolle Sammlung von Gemälden, aber auch Reliquien, Kirchenornaten und Bergkristallen nach Wien, die er nach seiner Rückkehr aus den Niederlanden in der Stallburg aufstellte. Tapisserien sowie Skulpturen aus Stein, Holz, Bronze und Elfenbein ergänzten den Bestand.

In den folgenden Jahrhunderten wurden die habsburgischen Sammlungen nur mehr geringfügig erweitert.