Der Sohn von Kaiser Franz II./I. und jüngere Bruder von Kaiser Ferdinand I. war Mitglied der Geheimen Staatskonferenz, die von 1836–1848 die Regierung für seinen kaiserlichen Bruder führte. Nach der Abdankung Ferdinands I. 1848 verzichtete Franz Karl zugunsten seines ältesten Sohns Franz Joseph auf die Thronfolge. Anders als seine Gattin Sophie konnte er nur wenig Einfluss ausüben, für Politik interessierte er sich kaum. Stattdessen kümmerte er sich lieber um Privates, er war zutiefst religiös.