Ferdinand folgte 1791 seinem Vater Leopold, nachdem dieser Kaiser geworden war, als Herrscher in der Toskana nach.

Ferdinands Leben war geprägt von den politischen Umwälzungen im Gefolge der Französischen Revolution. Von den französischen Truppen aus der Toskana vertrieben, wurde zu einem Spielball der Großmächte, bevor er schließlich als erklärter Gegner der Ideale der Französischen Revolution durch den Wiener Kongress wieder als Herrscher in der Toskana installiert wurde.

Auf ihn geht eine weitverzweigte habsburgische Nebenlinie ("Habsburg-Toskana") zurück.