Von seinem Vater Ferdinand I. als Statthalter in Böhmen eingesetzt, herrschte er nach dessen Tod 1564 über Tirol und die Vorlande, wo er die Gegenreformation durchsetzte. Der kunstsinnige und gebildete Ferdinand war mit der Bürgerlichen Philippine Welser (1527–1580) verheiratet. Die Ehe wurde nur unter der Bedingung der Verschwiegenheit genehmigt, die Kinder waren nicht erbberechtigt. Er baute Schloss Ambras nahe Innsbruck aus, wo seine berühmte Kunst- und Wunderkammer untergebracht war.