Matthias war politisch sehr ehrgeizig und geriet deshalb in Konflikt mit Kaiser Rudolf II., seinem Bruder. Nach schweren Auseinandersetzungen ("Bruderzwist") stürzte Matthias seinen Bruder durch ein Bündnis mit den Ständen schließlich vom Thron. Als Kaiser konnte er jedoch keine entscheidenden Taten setzen – die ständischen und konfessionellen Konflikte steuerten auf einen großen Krieg zu, der 1618 in Böhmen ausbrach. Matthias starb wenig später. Da er keine Kinder hatte, folgte ihm sein Cousin Ferdinand II. nach.