Ernst stritt mit seinen beiden älteren Brüdern Wilhelm und Leopold IV. um Anteile an der habsburgischen Herrschaft. Erst nach bewaffneten Auseinandersetzungen mit seinem Bruder Leopold erhielt er 1411 die Regierung in Innerösterreich. Dort förderte er die Städte sowie den Eisen- und Salzbergbau. Unter seiner Regentschaft setzte sich die Bezeichnung "Erzherzog" für die habsburgischen Herzöge durch.